################################################### ### chunk number 1: pg 244 ################################################### mytilus <- read.table('mytilus.csv', header=T, sep=',') ################################################### ### chunk number 2: pg 244 ################################################### library(car) scatterplot(asin(sqrt(LAP))*180/pi ~DIST, data=mytilus) ################################################### ### chunk number 3: pg 244 ################################################### plot(lm(asin(sqrt(LAP))*180/pi ~DIST, data=mytilus), which=1) ################################################### ### chunk number 4: pg 245 ################################################### mytilus.lm5<- lm(asin(sqrt(LAP))*180/pi ~ DIST + I(DIST^2) +I(DIST^3) + I(DIST^4) + I(DIST^5), mytilus) ################################################### ### chunk number 5: pg 245 ################################################### plot(mytilus.lm5, which=1) ################################################### ### chunk number 6: pg 245 ################################################### anova(mytilus.lm5) ################################################### ### chunk number 7: pg 246 ################################################### mytilus.lm1<- lm(asin(sqrt(LAP))*180/pi ~DIST, mytilus) mytilus.lm2<- lm(asin(sqrt(LAP))*180/pi ~DIST+I(DIST^2), mytilus) anova(mytilus.lm2, mytilus.lm1) ################################################### ### chunk number 8: pg 246 ################################################### mytilus.lm3<- lm(asin(sqrt(LAP))*180/pi ~DIST+I(DIST^2)+I(DIST^3), mytilus) anova(mytilus.lm3, mytilus.lm2) ################################################### ### chunk number 9: pg 247 ################################################### summary(mytilus.lm3) ################################################### ### chunk number 10: pg 247 ################################################### plot(asin(sqrt(LAP))*180/pi ~ DIST, data=mytilus,pch=16, axes=F, xlab="", ylab="") axis(1, cex.axis=.8) mtext(text=expression(paste("Miles east of Southport, Connecticut")), side=1, line=3) axis(2, las=1) mtext(text=expression(paste("Arcsin ",sqrt(paste("freq. of allele ", italic("Lap"))^{94}))), side=2, line=3) x<-seq(0,80,l=1000) points(x,predict(mytilus.lm3, data.frame(DIST=x)), type="l") box(bty="l")