################################################## ### chunk number 1: pg 277 ################################################### sanchez <- read.table('sanchez.csv', header=T, sep=',') ################################################### ### chunk number 2: pg 277 ################################################### boxplot(GUANO~COLTYPE, data=sanchez) ################################################### ### chunk number 3: pg 277 ################################################### boxplot(sqrt(GUANO)~COLTYPE, data=sanchez) ################################################### ### chunk number 4: pg 277 ################################################### oneway.test(sqrt(GUANO)~COLTYPE, data=sanchez) ################################################### ### chunk number 5: pg 277 ################################################### pairwise.t.test(sqrt(sanchez$GUANO), sanchez$COLTYPE, pool.sd=F, p.adj="holm") ################################################### ### chunk number 6: pg 278 ################################################### pvalues <- pairwise.t.test(sqrt(sanchez$GUANO), sanchez$COLTYPE, pool.sd=F, p.adj="none")$p.value pvalues ################################################### ### chunk number 7: pg 278 ################################################### library(multtest) mt.rawp2adjp(pvalues,proc="SidakSD") ################################################### ### chunk number 8: pg 278 ################################################### library(biology) Mbargraph(sanchez$GUANO, sanchez$COLTYPE, symbols=c('A','B','A'), ylab="Mean percentage Guano cover", xlab="Bird colony type")